Ile tropicale d'origine volcanique Mayotte a connu son émergence des fonds océaniques il y a environ 8 millions d'années. Cet âge lui a permis de s'isoler au sein d'un immense lagon délimité par une barrière de corail dont le tracé donne une idée des anciennes dimensions de l'île.

La barrière récifale qui entour Mayotte a une distance variant de 3 à 15 km est interrompu par 12 passes profondes de 20 à 70 m.

Le lagon atteint une profondeur maximale de 93 m au large de Bouénie et un système très rare de double barrière corallienne existe dans le sud. Ce système n'existe qu'au philippines et en nouvelle Calédonie.

Géologiquement Mayotte est plus ancienne des quatre îles formant l'archipel des Comores, c'est pour cette raison qu'elle possède un relief adouci.

l'altération des basaltes a donné les sols rouges des collines dominées par des reliefs plus vigoureux comme le massif du Mtsapéré (572m), le mont Combani ( 481m), le mont Choungui ( 594m) ou le mont Bénara (660m)

la dernière phase volcanique du quaternaire a donné les cratères de Kawéni et de Kaveni prés de Madmouzou et le Dzani Dzaha cone volcanique formé par la mer sur l'île de Padmandzi ( cf. photo rubrique nature )

L'île a un rivage très découpé, avec des baies profondes au fond desquelles se sont installées les mangroves à palétuvier et des pointes escarpées constituées de phonolites.